Роскосмос официально признал факт аварии во время запуска "Прогресса М-12М" 24 августа. В сообщении говорится, что, по предварительным данным, на 325-й секунде полета во время работы третьей ступени произошло нарушение работы двигателя, что привело к его аварийному отключению. Примерно в это же время с кораблем была потеряна связь. Незадолго до потери связи было зарегистрировано падение давления в топливном баке ракеты.
В результате транспортный корабль на заданную орбиту выведен не был. Обломки аппарата упали в Чойском районе республики Алтай. Об этом сообщили в силовых структурах региона. Сообщений о жертвах пока не поступало. По словам очевидцев, взрыв от падения было слышно за . Изначально говорилось, что место падения корабля было безлюдным, однако в администрации населенного пункта Каракокши, рядом с которым упала ракета, заявили, что в тайге в момент крушения могло находиться множество людей — сборщиков кедровых орехов и шишек.
Операция по поиску обломков грузового космического корабля "Прогресс М-12М" должна начаться утром 25 августа. В Роскосмосе объявили о создании комиссии для расследования обстоятельств гибели "Прогресса". В состав комиссии войдут представители ведомства и организаций ракетно-технической промышленности.
Также в Роскосмосе заверили, что ЧП с ракетой-носителем "Союз-У", которая должна была доставить грузовой корабль на МКС, не повлияет на обеспечение экипажей экспедиций — запасов продовольствия и воды, а также средств систем обеспечения должно хватить на длительное время. "Прогресс М-12М" вез на орбиту несколько тонн полезных грузов, включая топливо, пищу и воду.